- g -

• GeneMANIA() : GeneMANIA
• GeneOntology() : GeneOntology
• generate() : Graphwhiz::MyColor , GnuplotFileGenerator
• generateCandidates() : GenericLattice , PosLattice , TreeMiner , GenericLattice
• generateCandidatesNonzero() : PosLattice
• generateCandidatesZero() : PosLattice
• generateFile() : GnuplotFileGenerator
• generatePlot() : GnuplotFileGenerator
• generatePositiveBorder() : GenericLattice , PosLattice
• generateSupport() : PosLattice
• generateSupports() : PosLattice
• GenericLattice() : GenericLattice
• GenGOAlgorithm() : GenGOAlgorithm
• getActiveNetworks() : SetOfActiveNetworks
• getActiveNetworksEdgesFile() : NetMan
• getActiveNetworksNodesFile() : NetMan
• getAlgorithms() : Reporter
• getAltIds() : GOFunction
• getAncestors() : GeneOntology
• getAncestorsWithDistance() : GeneOntology
• getAnnotatedFunctionWeight() : MyAnnotations
• getAnnotatedFunctionWeightProbabilisticOr() : MyAnnotations
• getAnnotatedFunctionWeights() : MyAnnotations
• getAnnotatedGenes() : MyAnnotations
• getAnnotatedWeights() : MyAnnotations
• getAnnotations() : MyAnnotations
• getAnnotationsAreOriginal() : MyGainParams
• getAnnotationsByGene() : MyAnnotations
• getAnnotationsFile() : MyGainParams
• getAnnotationsForGene() : MyAnnotations
• getApplyTruePathRuleDownward() : MyGainParams
• getAverageNodeWeight() : MyGraph
• getBack() : Itemset
• getBin() : MyHistogram
• getChildren() : GeneOntology
• getClass() : itemset
• getClassIndexForSample() : motifDataset , readfile
• getClassName() : motifDataset , readfile
• getClassNameForSample() : motifDataset , readfile
• getClassSize() : motifDataset , readfile
• getClosedLattice() : Apriori
• getColname() : BinaryMatrix , TruthMatrix
• getColumnIndex() : motifDataset , readfile
• getColumnPvalue() : Itemset
• getColumns() : Itemset
• getColumnSet() : itemset
• getComment() : GOFunction
• getComputeTreewidth() : MyGainParams
• getDataIntegrationType() : MyGainParams
• getDef() : GOFunction
• getDepths() : GOFunction
• getDescendants() : GeneOntology
• getDescendantsWithDistance() : GeneOntology
• getDescriptionString() : Graphwhiz::NodeType
• getDigit() : Rotor
• getDimensionNames() : MyPointSet
• getDirectedLayoutProgramme() : Graphwhiz::Geewhiz
• getDistanceToAncestor() : GOFunction
• getDistanceToDescendant() : GOFunction
• getDoNotReduce() : MyGainParams
• getEdge() : MyNode , MyGraph
• getEdgeAnnotationsFile() : NetMan
• getEdgeSet() : MyGraph
• getEdgeString() : MyEdge
• getEdgeStrings() : MyEdge
• getEmbedActiveNetworkInSuperGraph() : NetMan
• getEnrich_f2p() : Enrichment< S, T >
• getEnrich_f2val() : Enrichment< S, T >
• getEnrich_p2f() : Enrichment< S, T >
• getEnrichments() : Enrichment< S, T >
• getEvidenceCodeCounts() : MyAnnotations
• getEvidenceCodesToIgnore() : MyGainParams
• getEvidenceCodeWeightsFile() : MyGainParams
• getExperimentName() : MyGainParams
• getFilename() : BinaryMatrix , TruthMatrix
• getFLNFiles() : MyGainParams
• getFront() : Itemset
• getFunctionById() : GeneOntology
• getFunctionByName() : GeneOntology
• getFunctionFrequency() : MyAnnotations
• getFunctionType() : FunctionalAnnotation , MyAnnotations
• getFunctionTypeDefinition() : Graphwhiz::Geewhiz
• getGenesWithPredictions() : Reporter
• getGOFile() : MyGainParams
• getHeight() : BinaryMatrix
• getHTMLString() : Graphwhiz::NodeType
• getHypergeometricPvalue() : HypergeometricAlgorithm
• getIntegerId() : GOFunction
• getIsDirected() : Graphwhiz::Geewhiz
• getItem() : Itemset
• getItemset() : GenericLattice , PosLattice
• getItemsets() : Apriori
• getLattice() : Apriori
• getLibSVMDirectory() : MyGainParams
• getLibSVMTestOptions() : MyGainParams
• getLibSVMTrainOptions() : MyGainParams
• getLowerBound() : KKBounder , ImprovedBounder
• getMax() : MyHistogram
• getMaxBagId() : TreeDecomposition
• getMaxCoord() : MyPoint
• getMaximumAnnotatedGenes() : MyGainParams
• getMaximumDepth() : GOFunction
• getMaximumGoDepth() : MyGainParams
• getMin() : MyHistogram
• getMinCoord() : MyPoint
• getMinimumAnnotatedGenes() : MyGainParams
• getMinimumConfidence() : MyGainParams
• getMinimumDepth() : GOFunction
• getMinimumGoDepth() : MyGainParams
• getMinRowset() : BSEvaluator
• getName() : MyOneVersusAllSinkSourceGainAlgo , MyReallyAbstractGainAlgo , MyAbstractGainAlgo< StateType > , MyOneVersusAllGainAlgo , MyOneVersusNoneGainAlgo , MyOneVersusAllLocalGainAlgo , MyOneVersusAllHopfieldGainAlgo , MyOneVersusAllMincutGainAlgo , MyOneVersusAllSemiHierarchicalHopfieldGainAlgo , MyOneVersusAllHierarchicalHopfieldGainAlgo , MyOneVersusAllLibSVMGainAlgo , MyOneVersusAllSVMLightGainAlgo , MyOneVersusAllSVMLightTransductiveGainAlgo , MyOneVersusNoneSinkSourceGainAlgo , MyOneVersusNoneFunctionalFlowGainAlgo , MyOneVersusNoneLocalGainAlgo , AbstractSingleReconciliation , PageRank , Vanilla , SinkSource , HeatKernel , MyOneVersusAllGeneManiaGainAlgo , GeneMANIA
• getNamespace() : GOFunction
• getNextCandidate() : GenericLattice , PosLattice
• getNextNode() : TreeDecomposition::TreeWidthNodeSelector , TreeDecomposition::TreeWidthNodeSelectorMinDegree , TreeDecomposition::TreeWidthNodeSelectorMinFillIn
• getNextPositiveBorder() : GenericLattice , PosLattice
• getNodeAliasFile() : NetMan
• getNodeInfo() : DAGNode< NodeInfo >
• getNodeSet() : MyGraph
• getNodeVec() : MyGraph
• getNumActiveNetworks() : SetOfActiveNetworks
• getNumBins() : MyHistogram
• getNumClasses() : motifDataset , readfile
• getNumColumns() : Itemset
• getNumComplementedRows() : Itemset
• getNumEdges() : DAG< NodeType >
• getNumItemsets() : Apriori
• getNumLatticeEdges() : Apriori
• getNumMissingDimensions() : Point_d< NT >
• getNumNodes() : DAG< NodeType >
• getNumPredictionsToPrintPerFunction() : MyGainParams
• getNumRounds() : MyGainParams
• getNumRows() : Itemset
• getNumRuns() : MyGainParams
• getNumTotalValues() : MyHistogram
• getOneVersusNoneSinkSourceArtificialEdgeWeight() : MyGainParams
• getOutputDirectory() : MyGainParams
• getParentEdgeType() : DAGNode< NodeInfo >
• getParents() : GeneOntology
• getPerformSanityCheck() : MyGainParams
• getPointNames() : MyPointSet
• getPointSet() : MySetOfPointSets
• getPredictionsFile() : MyGainParams
• getPrintDetailedCVResults() : MyGainParams
• getPrintEdgeLabels() : Graphwhiz::Geewhiz
• getProbeInfo() : motifDataset
• getProcessComputedActiveNetworks() : NetMan
• getProcessNetwork() : NetMan
• getRange() : MyHistogram
• getRow() : TruthMatrix , BinaryMatrix
• getRowAliases() : motifDataset
• getRowIndex() : motifDataset , readfile
• getRowName() : motifDataset , readfile
• getRowNames() : itemset
• getRowPvalue() : Itemset
• getRows() : Itemset
• getRowSet() : itemset
• getRowSetCounts() : PosLattice
• getRowsForAlias() : motifDataset
• getRowType() : TruthMatrix , BinaryMatrix
• getRunGraphviz() : MyGainParams
• getSiblings() : GOFunction
• getSignificantLegos() : SetOfNetworkLegos
• getSize() : PosLattice , Itemset , GenericLattice , Rotor , GenericLattice , PosLattice
• getSizePvalue() : Itemset
• getSubsets() : GOFunction
• getSuccessful() : GenericLattice , PosLattice
• getSVMLightDirectory() : MyGainParams
• getSVMLightTestOptions() : MyGainParams
• getSVMLightTrainOptions() : MyGainParams
• getSynonyms() : GOFunction
• getTotalAbsoluteEdgeWeight() : MyGraph
• getTotalAbsoluteNodeWeight() : MyGraph
• getTotalEdgeWeight() : MyGraph
• getTotalNodeWeight() : MyGraph
• getTotalSquaredNodeDegrees() : MyGraph
• getTreatmentControlFile() : NetMan
• getUndirectedLayoutProgramme() : Graphwhiz::Geewhiz
• getUni_f2p() : Enrichment< S, T >
• getUni_p2f() : Enrichment< S, T >
• getUnion() : SetOfActiveNetworks
• getUpperBound() : GenericLattice , KKBounder , BSEvaluator , ImprovedBounder , PosLattice
• getValidationAnnotationsFile() : MyGainParams
• getValue() : Rotor , MyHistogram
• getVisualiseParamsFile() : MyGainParams
• getWeight() : MyGainState< StateType > , GOEvidenceCodes
• getWeightedDegree() : MyNode
• getWeightEvidenceCodes() : MyGainParams
• getWidth() : BinaryMatrix , GenericLattice , PosLattice
• getWiringDiagram() : NetMan
• getWiringDiagramNodes() : NetMan
• getXrefAnalogs() : GOFunction
• GnuplotFileGenerator() : GnuplotFileGenerator
• GOEvidenceCodes() : GOEvidenceCodes
• GOFunction() : GOFunction
• groupFunctionsByDepth() : GeneOntology
• GroupHypAlgorithm() : GroupHypAlgorithm